反渗透纯水设备的正常运行中，会有一定的启动和关闭频率，当膜系统停机时，要用其采出水或预处理后的合格水进行低压冲洗，以替换膜元件中含有阻垢剂的高浓度浓缩水。

或者采取措施防止由于系统中的水泄漏而引入空气，因为如果部件由于水损失而干燥，则可能发生不可逆的水通量损失。

如果停机时间小于24小时，则无需采取措施防止微生物滋生。但是，如果停机时间超过上述规定，则应使用保护溶液进行系统储存或定期冲洗膜系统。